Absolvent der Hauptschule für Handel (Szkoła Główna Handlowa) in Warschau, des Aufbaustudiums in Recht und Verwaltung der Universität Wrocław sowie in Unternehmenswertmanagement der SGH. 2002 hat er das Advanced Management Programme an der INSEAD in Fontainebleau in Frankreich abgeschlossen. In den Jahren 1994-2001 war er stellvertretender Vorstandsvorsitzender für Finanzen der PKN Orlen. Er war auch Vorstandsvorsitzender der Elana S.A. und des Mobilfunkunternehmens Polkomtel S.A.

In den letzten Jahren Marek Mroczkowski hatte die Stelle des stellvertretenden Vorstandsvorsitzenden für Finanzen inne und für acht Monate führte er den Vorsitz der tschechischen Holding "Unipetrol". Ferner war er in der letzten Zeit Vorstandsvorsitzender der litauischen Gesellschaft Możejki NAFTA AB, die auf dem Gebiet der Erdölverarbeitung tätig ist und zum polnischen Konzern PKN Orlen gehört.